Phospholipide sind amphiphile Moleküle: Der Kopfteil der Moleküle ist hydrophil. Aufgrund zahlreicher polarer Bindungen in diesem Abschnitt mit partiell geladenen Atomen können sie leicht Wasserstoffbrücken und Dipol-Dipol-Wechselwirkungen mit Wassermolekülen eingehen. Die beiden langen hydrophoben Molekülketten ("Schwänze") bestehen dagegen hauptsächlich aus unpolaren Kohlenwasserstoffketten, die keine starken Wechselwirkungen mit Wasser eingehen können, sie aber untereinander über London-Kräfte anziehen.
Diese Molekülstruktur führt dazu, dass sich die Moleküle in wässriger Umgebung spontan zu einer Doppelschicht anordnen: Die hydrophilen Köpfe werden zum Wasser hingezogen, die hydrophoben Schwänze richten sich vom Wasser weg zueinander aus. Das Ergebnis ist eine stabile, geordnete Struktur – die Phospholipid-Doppelschicht – die die Grundlage jeder Biomembran bildet.
Dieser Prozess der Selbstorganisation läuft ohne externe Energie ab und ist die direkte Folge des hydrophoben Effekts. Die Zelle muss lediglich die Phospholipide als Bauseine bereitstellen.